Historia Wydziału Medycyny Weterynaryjnej w Olsztynie sięga lat sześćdziesiątych dwudziestego wieku. Początkowo, dnia 4 kwietnia 1966 roku, Minister Oświaty i Szkolnictwa Wyższego prof. Henryk Jabłoński, na wniosek senatu akademickiego Wyższej Szkoły Rolniczej w Olsztynie, powołał Oddział Weterynaryjny przy Wydziale Zootechnicznym. Trzy miesiące później (2 lipca 1966 roku) utworzono Szpital Kliniczny oraz Zespół Katedr Epizootiologiczno-Profilaktycznych, a w dniu 1 października tego roku zainaugurowano działalność dydaktyczną. Wówczas to naukę na Oddziale Weterynaryjnym rozpoczęło trzydziestu studentów. W tym okresie kadrę akademicką nowopowstałego Oddziału stanowiło szesnastu pracowników naukowo dydaktycznych z doc. Stefanem Tarczyńskim – prodziekanem Wydziału Zootechnicznego na czele. W skład kadry akademickiej oprócz doc. Stefana Tarczyńskiego, wchodzili: prof. Kazimierz Kalinowski, prof. Tadeusz Krzymowski, prof. Robert Towarnicki prof. Janina Wengris, doc. Remigiusz Fitko, doc. Zofia Kalinowska, doc. Wiesław Krautforst, doc. Kazimierz Markiewicz, doc. Wacław Minakowski, doc. Zdzisław Larski, doc. Wiktor Stefaniak, doc. Tadeusz Szuperski, dr Zofia Markiewicz, dr Krystyna Wyrzykowska i dr Zygmunt Wyrzykowski.
Kluczowym wydarzeniem w dziejach Wydziału Medycyny Weterynaryjnej w Olsztynie było wyłączenie Oddziału Weterynaryjnego z Wydziału Zootechnicznego i przekształcenie jednostki w samodzielny Wydział Weterynaryjny Wyższej Szkoły Rolniczej w Olsztynie. Stało się to w oparciu o zarządzenie Ministra Oświaty i Szkolnictwa Wyższego prof. Henryka Jabłońskiego z dnia 28 sierpnia 1967 roku, które zaczęło obowiązywać 1 września tegoż roku. Podczas pierwszej inauguracji roku akademickiego , która odbyła się 4 października 1967 roku dziekan – Stefan Tarczyński – złożył ślubowanie, iż „Wydział, Jego Rada, pracownicy i studiująca młodzież dokładać zawsze będą starań aby nie zawieść pokładanych w nich nadziei naukowych, dydaktycznych i wychowawczych”. W 1967 roku Wydział Weterynaryjny zatrudniał: 1 profesora, 7 docentów, 2 adiunktów, 1 starszego asystenta, 4 asystentów, 5 asystentów-stażystów i 6 pracowników techniczno-administracyjnych. Wydział składał się z Zespołu Katedr Epizootiologiczno-Profilaktycznych złożonego z Katedry Anatomii Patologicznej, Katedry Mikrobiologii Weterynaryjnej, Katedry Parazytologii i Chorób Inwazyjnych z Kliniką Chorób Inwazyjnych, Zespołu Podstawowych Nauk Zootechniczno-Weterynaryjnych w skład którego wchodziła Katedra Fizjopatologii oraz Szpitala Klinicznego obejmującego Katedrę i Klinikę Chorób Wewnętrznych, Katedrę i Klinikę Chirurgii, Zakład Diagnostyki Laboratoryjnej oraz Katedrę Farmakologii i Toksykologii.
Kolejne lata przyniosły dalszy rozwój i restrukturyzację Wydziału. W roku 1968 przeniesiono z Wydziału Zootechnicznego Katedrę Anatomii, a także utworzono Pracownię Histologii i Embriologii oraz Katedrę Higieny Produktów Pochodzenia Zwierzęcego. Rok później powstała Katedra Położnictwa i Patologii Rozrodu, a w 1970 utworzono Katedrę Epizootiologii z Kliniką Chorób Zakaźnych i Zakład Chorób Drobiu. W 1970 roku na Wydziale zatrudnionych było 68 osób, w tym 6 profesorów (1 zwyczajny i 5 nadzwyczajnych), 9 docentów, 10 adiunktów, 19 starszych asystentów, 4 asystentów, 20 pracowników naukowo-technicznych i 2 pracowników administracyjnych, a kształciło się 292 studentów. W tym okresie rozwijała się także działalność kliniczna Wydziału. W roku akademickim 1970/1971 w klinikach Wydziału opieką weterynaryjną objęto 1200 małych zwierząt i 2000 zwierząt średnich i dużych. O szybkim rozwoju Wydziału Weterynaryjnego świadczy fakt, iż już w 1968 roku otrzymał On prawo nadawania stopnia doktora nauk weterynaryjnych, a w 1971 - prawo nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk weterynaryjnych.
Lata siedemdziesiąte to także okres dalszej restrukturyzacji Wydziału. W tym okresie utworzono Instytut Podstawowych Nauk Weterynaryjnych obejmujący Anatomię Zwierząt, Histologię i Embriologię, Fizjopatologię, Farmakologię oraz Toksykologię Instytut Chorób Niezakaźnych obejmujący, Choroby Wewnętrzne, Chirurgię i Położnictwo oraz Instytut Chorób Zakaźnych i Inwazyjnych, w skład którego wchodziły Epizootiologia Parazytologia i Choroby Inwazyjne, Mikrobiologia Weterynaryjna, Anatomia Patologiczna i Choroby Drobiu. Odrębną jednostką Wydziału była Katedra Higieny Produktów Pochodzenia Zwierzęcego.
Prężnie rozwijający się Wydział, na którym w roku akademickim 1980/81 pracowało 172 osoby, a studiowało 712 osób (w tym 139 kobiet) pilnie potrzebował nowej siedziby. Budowę pierwszego z nowych budynków - siedziby Instytutu Chorób Niezakaźnych rozpoczęto jeszcze w 1975, a po czterech latach budynek oddano do użytku. Natomiast w roku 1980 rozpoczęto budowę siedziby Instytutu Chorób Zakaźnych i Inwazyjnych. Pierwszą jej część oddano do użytku w 1985, a drugą (siedzibę Katedry Anatomii Zwierząt) w roku 1987. W latach osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych powstawały również nowe jednostki organizacyjne Wydziału. W roku 1980 powstał Zakład Higieny i Profilaktyki Zwierząt, w 1988 - Zakład Weterynarii Sądowej i Administracji Weterynaryjnej, a w 1997 - Katedra Fizjologii Klinicznej.
W roku 1994 zmieniono nazwę Wydziału na Wydział Medycyny Weterynaryjnej. Lata dziewięćdziesiąte to okres prężnego rozwoju Wydziału, adaptacja do nowych warunków politycznych oraz zyskiwanie renomy na arenie międzynarodowej. W tym czasie nawiązano liczne kontakty naukowe z zagranicznymi wiodącymi ośrodkami akademickimi, rozwijano warsztat badawczy Wydziału, a także organizowano liczne międzynarodowe konferencje naukowe.
W 1999 roku odbyła się na Wydziale pierwsza wizytacja grupy ekspertów Europejskiego Stowarzyszenia ds. Oceny Jakości Kształcenia na kierunku Weterynaria (European Association of Establishments for Veterinary Education EAEVE), a w 2005 roku uzyskano akredytację EAEVE w zakresie zgodności procesu kształcenia na kierunku Weterynaria ze standardami Unii Europejskiej. W roku 2013 uzyskano przedłużenie akredytacji do roku 2022.