Katedra Anatomii Patologicznej powstała w 1967 r. Jej organizatorem i pierwszym kierownikiem był prof. dr hab. Tadeusz Szuperski. W 1970 r. na podstawie zarządzenia ministra oświaty i szkolnictwa wyższego nastąpiła reorganizacja Wydziału Weterynaryjnego. Wówczas Katedra – jako Zespół Anatomii Patologicznej – została włączona do Instytutu Chorób Zakaźnych i Inwazyjnych. W 1974 r. zmieniono jej nazwę na Zakład Anatomii Patologicznej IChZiI. W 1993 r. przywrócono Katedrze samodzielność oraz nazwę – Katedra Anatomii Patologicznej. Po kolejnej reorganizacji Wydziału Medycyny Weterynaryjnej w 2003 r. zmieniono nazwę Katedry na Zespół Anatomii Patologicznej. Zespół wszedł w skład Katedry Patologii i Farmakologii. Od 1 stycznia 2009r. nastąpiła kolejna reorganizacja Wydziału i powstał samodzielny Zakład Anatomii Patologicznej, który 30 października 2009 r. został przekształcony w Katedrę Anatomii Patologicznej.
Od 1983 r. do 2014 r. kierownikiem Katedry/Zespołu/ Zakładu był prof. dr hab. Tadeusz Rotkiewicz, prof. zw. Od 2014 roku Kierownikiem jest dr hab wet. Iwona Otrocka-Domagała, prof. uczelni. Pracownicy Katedry to: prof. dr hab. Tadeusz Szuperski (od 1 lipca 1967 r. do 30 września 1983 r.), lek. wet. Anna Mazurkiewicz (od 1 kwietnia 1968 r. do 1 grudnia 1968 r.), lek. wet. Bohdan Kurski (od 1 marca 1968 r. do 1 grudnia 1968 r.), prof. dr hab. Tadeusz Rotkiewicz, prof. zw. (od 1 kwietnia 1968 r. do 30 września 2014 r.), lek. wet. Barbara Bulik (od 17 stycznia 1969 r. do 1 lipca 1970 r.), dr wet. Adamina Grabarska (od 1 października 1970 r. do 1 listopada 1976 r.), prof. dr hab. Józef Szarek (od 1 grudnia 1972 r. do 1 października 1988 r.), dr wet. Jarosław Koska (od 1 kwietnia 1977 r. do 15 maja 1989 r.), dr wet. Bogusław Wojciechowski (od 1 października 1979 r. do 30 września 1990 r.), dr wet. Alina Cecylia Piekut (od 1 października 1980 r. do 1 października 1988 r.), lek. wet. Andrzej Ruta (od 1 listopada 1983 r. do 30 kwietnia 1991 r.), dr wet. Marzena Wiśniewska (od 1 października 1989 r. do 30 września 2014), dr wet. Grażyna Bomba (od 26 października 1995 r. do 30 sierpnia 2011), dr wet. Marek Podbielski (od 1 maja 1993 r. do 31 maja 2002 r.) , dr hab. wet. Iwona Otrocka-Domagała, prof. uczelni (od 1 czerwca 2002 r. do chwili obecnej), dr hab. wet. Michał Gesek, prof. uczelni (od 01 września 2011 r. do chwili obecnej), dr wet Katarzyna Paździor (od 01 marca 2012 r. do chwili obecnej) oraz dr wet Mateusz Mikiewicz (od 01 listopada 2015 do chwili obecnej).