Katedra w swoich dziejach wielokrotnie zmieniała nazwę. W chwili powstania była to Katedra Mikrobiologii Weterynaryjnej (1966–1970), następnie Zakład Mikrobiologii Weterynaryjnej Instytutu Chorób Zakaźnych i Inwazyjnych (1970–1986), Katedra Mikrobiologii Weterynaryjnej (1986–1999), Katedra Mikrobiologii i Immunologii Klinicznej (1999–2003), Zespół Mikrobiologii i Immunologii Klinicznej Katedry Chorób Zakaźnych i Inwazyjnych (2003-2008), od roku 2008 – Katedra Mikrobiologii i Immunologii Klinicznej. Katedra została powołana w 1966 r. Jej organizację i kierowanie powierzono doc. dr. hab. Zdzisławowi Larskiemu. Pracę naukowo-badawczą podjęto w 1967 r., natomiast dydaktyczną w 1968 roku. W latach 1967–1970 Katedra mieściła się w bloku 23, przez następne 7 lat w gmachu Nowej Zootechniki w Kortowie I, zaś od 1985 r. zajmuje pomieszczenia w bloku 105 w Kortowie II. Każda zmiana lokalizacji wiązała się ze zwiększeniem zajmowanej powierzchni oraz lepszym wyposażeniem w aparaturę badawczą.
1966-1985 prof. dr hab. Zdzisław Larski, prof. zw.,
1985-1999 prof. dr hab. Jerzy Wiśniewski, prof. zw.,
1999 - 2023 prof. dr hab. Andrzej Krzysztof Siwicki, prof. zw.
2023 - ... dr hab. Roman Wójcik, prof. UWM